De hoofdfase van de opleiding Integratiegeneeskunde bestaat uit drie jaar en wordt afgesloten met het eindexamen. Het eindexamen kan worden afgelegd indien het propedeutisch examen is gehaald alsmede de tentamens behorende bij de modules van het tweede, derde en vierde opleidingsjaar, voldoende zijn gemaakt.
Het tweede opleidingsjaar (integratie 2) omvat de volgende onderwijseenheden met de daarbij vermelde studiepunten:
| 2.1 | Diagnostische principes | (22.5 EC) |
| 2.2 | Basisleer kruiden | (8.75 EC) |
| 2.3 | Samenstellen formularia | (8.75 EC) |
| 2.4 | Beroepsvoorbereiding II | (17.5 EC) |
| 2.5 | Vrije keuze | (2.5 EC) |
Het derde opleidingsjaar (integratie 3) omvat de volgende modules met de daarbij vermelde studiepunten:
| 3.1 | Anatomie, fysiologie en pathologie westerse geneeskunde | (35 EC) |
| 3.2 | Beroepsvoorbereiding III | (17.5 EC) |
| 3.3 | Vrije keuze | (7.5 EC) |
Het vierde opleidingsjaar (integratie 4) omvat de volgende modules met de daarbij vermelde studiepunten:
| 4.2 | Behandelprincipes | (17.5 EC) |
| 4.3 | Innovatie | (17.5 EC) |
| 4.4 | Beroepsvoorbereiding IV | (17.5 EC) |
| 4.5 | Scriptie | (7.5 EC) |
Naast de hoorcolleges omvatten bepaalde modules uit de hoofdfase verplichtingen waaraan de student moet deelnemen.
Voor ieder jaar uit de hoofdfase dient een portfolio samengesteld te worden.
De scriptie moet gepresenteerd worden aan medestudenten en geïnteresseerden.
Iedere module wordt afgesloten met een tentamen. Het eindexamen wordt schriftelijk afgenomen.